《黑神话：悟空》一共有6个章节，加上序章共7个故事回目。

《黑神话：悟空》的故事始于西游师徒取经任务圆满完成之后。已经封位“斗战胜佛”的孙悟空决定放弃佛位，回到花果山过逍遥自在的生活。然而，天庭不愿看到孙悟空脱离控制，派出二郎神率领天兵天将再次征伐花果山，导致悟空落败，其六根中的五根被分给五位妖王。为了复活孙悟空，无数猴子猴孙踏上挑战妖王、搜集“五根”的征途。玩家扮演的“天命人”正是其中之一，通过击败五大妖王，寻得“五根”，最终进入孙悟空生前记忆，清除其不净“六根”，承接“孙悟空”名号，成为新的“孙悟空”。

游戏中的每一回都对应着收集悟空的一根“根器”，这些章节不仅续接了《西游记》原著的部分剧情，还融入了大量的改编和创新元素。例如，黄眉怪与金蝉子的对赌、牛魔王的中年危机、天蓬元帅的未了前情等，都是对原著故事的呼应和再创造。同时，游戏还巧妙地将当代流行文化和网络文学对《西游记》的再造和延伸融入其中，使得整个故事更加丰富多彩。

值得注意的是，《黑神话：悟空》在剧情设计上采用了多线、多个结局的方式，为玩家提供了更多的探索和想象空间。此外，游戏还包含了许多隐藏地图和彩蛋，等待着玩家去发现和解锁。这些设计不仅增加了游戏的可玩性和趣味性，也让玩家在探索过程中更加深入地了解游戏的世界观和故事背景。