我感觉能够导致妖怪灭绝的原因有三个：内战，自然灾害以及人类。妖怪的内战不可能导致妖怪群体的灭绝；妖怪个体间的遗传性状差异极大适应性比人类更广泛，所以也不可能是瘟疫之类的自然灾害所致。那么最大的可能就是人类除妖群体的装大，可能在四魂之玉消失后500年涌现了大量