魔法少年之魔法学院六大令牌的魔法学院在瑞士阿尔卑斯山。根据查询相关公开信息显示，魔法少年之魔法学院六大令牌的魔法学院位于瑞士阿尔卑斯山，是一所世界知名的魔法学府，被誉为“世界最具影响力的魔法学院”。