游戏系统和FC的《魂斗罗》和《超级魂斗罗》相同，主要改动有：游戏中可以按住B键不放实现连发，省去了FC版连续按键的麻烦。子弹速度加快，普通子弹也从FC版连按可屏幕同时出现4颗变成了5颗。武器中的霰弹S恢复了街机版《超级魂斗罗》的级别设定。还增加了一种新武器——跟踪弹