大航海时代3行会在各个城市的城区内。在港口触发伦敦行会在找拉斐尔的剧情，进入行会后获得调查遗迹的任务。前往遗迹时需要环状遗迹地图，可在阿姆斯特丹行会买到。行会的作用是买卖宝物、交接委托、发送交涉文书。在行会可以买到装备、地图、航海用具等，数量不多。