《薄樱鬼 ～新选组奇谭～》的故事发生在幕末动乱时期的日本。幕末,文久三年——玩家将扮演父亲神秘失踪的女主人公雪村千鹤,千鹤是在江户长大的兰学医者(即西医)的女儿.父亲纲道原本应该是与女儿分开后在京都工作的.因为联络不上父亲而担心的千鹤前往京都探访.千鹤在那里所看见