在高达无双2的流程中，故事模式(STORY)是游戏的主线剧情，包含5个可选关卡，每个角色都有独特的剧情和过场动画。玩家需要通过通信选项触发小剧情才能开始，这不会影响游戏的正常进行。故事任务相对简单，适合收集爱好者。自由模式(FREE)主要是用于角色升级，每个角色的第一关