游戏冒险岛3包含八个主要关卡，每个大关由8个小关组成，其中1-6是标准关卡，A-B则是隐藏关卡。隐藏关卡主要提供额外的道具和挑战，增加了游戏的乐趣。在第一大关中，1-1隐藏有鸡蛋，其中藏着钥匙，完成小游戏后会得到守护石，其中可能隐藏着1UP。1-2关要走下层，打破石壁可发