在南美洲的GX军事训练基地，2634年12月发生了一起神秘事件。Hal将军发送的信号显示，基地遭受攻击，可能是由异形生物引起的。联邦政府接收到这一警告后，意识到事态严重，于是派出Contra特遣队进行调查。他们发现基地内的士兵已经失去人性，异型生物的影子从他们体内显现。事