海关和贸促会出具的产地证主要区别在于出证机构不一样，所盖的章不一样。使用效果上面一样，不影响使用。普惠制产地证通常情况下在海关出，海关属于海关机构，权威性比较高。一般原产地证CO通常在贸促会办理比较多，客户没有要求出证机构情况下默认在贸促会出。