塞尔吉奥马丁内斯的足球生涯始于1991/92赛季，当时他效力于阿根廷的佩那罗尔俱乐部，身穿00号球衣。他的初次亮相是在那时的阿根廷联赛中。之后，他转会至博卡青年，开始了他在这家著名俱乐部的长期征程。1993/94赛季，马丁内斯首次披上了35号球衣，为博卡青年出战20场比赛，攻