胡歌在《轩辕剑之天之痕》中爱的是拓跋玉儿。

在剧中，胡歌饰演的陈靖仇与拓跋玉儿、小雪两位女主角有着深厚的感情纠葛。陈靖仇与拓跋玉儿从小一起长大，两人之间有着一种默契和亲近感，陈靖仇在剧中对拓跋玉儿的爱意也表现得非常明显。而小雪虽然是陈靖仇的妹妹，但两人之间的感情也非常重要和特殊。

然而，从剧情和人物关系来看，陈靖仇与拓跋玉儿的感情更加深厚和复杂。两人之间经历了许多磨难和考验，但他们的感情始终如一，相互扶持，共同成长。在剧情的高潮部分，陈靖仇也最终选择了与拓跋玉儿在一起，这表明了他对拓跋玉儿的深情厚爱。

综上所述，胡歌在《轩辕剑之天之痕》中爱的是拓跋玉儿。这一结论可以从剧情、人物关系以及胡歌的演绎等多个方面得出。