在《魂斗罗：无赖军团》中，游戏玩法丰富多样。首先，玩家在大本营进行角色整备和装备选择，然后通过垂直起降载具进入副本挑战。档案功能允许你查看游戏数据，包括徽章成就和剧情视频，帮助你追踪进度。

角色切换是游戏中的基本操作，角色自带的不同装备如红宝石双眼，可以提升角色的移动速度等属性，增强角色能力。在工坊中，你可以开发和升级武器，调整过热和输出参数，金币在战斗中可获取，武器的稀有度（普通到传奇）决定了武器的强度。

游戏还提供了多人PVP模式，包括排位赛、快速赛、私人赛和商店模式。排位赛是基于玩家在线表现的排名战，快速赛则随机匹配，不影响排名。私人赛则是玩家自定义游戏设置。垂直起降载具不仅是刷副本的场所，组队或单人完成任务可解锁更多内容和装备。

合作模式中，玩家将面临更多敌人，血量不变但数量增加，战术运用和掩体利用至关重要。冲击技能在此模式中尤为重要。场景中的爆炸物则提供了额外的清理小怪手段，合理运用能极大提升效率。