在质量效应1中，薜帕德拯救了神堡之后，人类控制了议会权利，开始安定民心，对外宣称收割者并不存在，威胁已经全部解除，为了消灭残余的桀斯，议会派薜帕德一行在银河系各处巡逻围剿残余分子。在一次隐身巡逻中，诺曼底号刚脱离超光速飞行，就被早已埋伏好的未知巨型飞船击中，未知飞船几道光速炮就把诺曼底号拆了个七零八落，所幸大部分船员都得以逃脱，而薜帕德为了救小丑不幸丧命。

自从议会宣布薜帕德于战斗中丧生已经过了两年，在这期间塞伯鲁斯和莉亚娜合作，不但找到了薜帕德残存的尸体，还打算复活他。之所以塞伯鲁斯选择花费巨额的代价（两年40个亿，这还不包括诺曼底II的建造费用）也要救回薜帕德的原因是，他们发现收割者的威胁并没有消除，反而正在壮大，薜帕德之前的行为只不过是暂缓了银河系文明覆灭的进程，然而导致的结果是吸引到了收割者主力的关注。

在这两年间，收割者的行动虽说没有明显的动作，但塞伯鲁斯相信他们正在密谋着什么。而除此之外，另一股危险降临到了人类头上，所有位于银河系外缘的人类殖民地都遭到了未知种族的掠夺，殖民地所有人类消失的无影无踪。而薜帕德是英雄，塞伯鲁斯是以保护人类在银河利益的神秘极端组织，塞伯鲁斯需要薜帕德来向外界传达这一毁灭性的危机，并引领人类甚至是全银河系走出困境，对抗收割者。

薛帕德根据幻影人提供的名单寻找队友，并完成队友的愿望，根据赛博鲁斯提供的线索，一步一步的追寻到袭击人类殖民地的罪魁祸首的基地，带着所有的队友，完成了不可能完成的自杀任务。并更进一步的了解了收割者的阴谋。