游戏的系统与前作基本相同，但有了一点细微改动：前作中由红色猎鹰表示的武器在本作中全部改以枪表示，部分武器形态也发生变化。比如前作的火焰枪F由旋转小火球变为会发散的大火球。霰弹枪S变成取得一个时一次发射三颗子弹，取得两个时发射五颗。前作中的纵深版面被取消，取而代之的是可向八方向移动、射击的俯视画面。在俯视画面中可以得到令画面内敌人瞬间全灭的炸弹， 发动时机可由玩家决定，这个设定后来被SFC版沿用。游戏难度之于前作大幅度提高，被认为是系列所有作品中最难的之一。

日版的标题为《超级魂斗罗》，去掉了街机版的副标题“异形的反击”（エイリアンの逆袭），而美版的标题则为“Super C”。欧洲版标题为“Probotector II - Return of the Evil Forces ”，主角与敌人依然是机器人。 　　相对于街机版，FC版的难度被大幅削减，甚至可能低于FC版的前作。 　　游戏中武器的表示改回前作般的猎鹰，但颜色变为红蓝两色交替闪烁。霰弹枪S取消级别的设定。 　　俯视画面中的炸弹被取消，改回FC版前作般的无字母猎鹰，接到时令画面内敌人全灭。 　　FC版增加了新的关卡，原街机版的流程只大致相当于FC版的前六关。第四、第五、第七、第八关为原创关卡。 　　街机版已有关卡在移植后也有一定程度的流程变化，调整了部分关底Boss的设定

在本作中同样存在生命数增至30的秘技，但改为在标题画面中输入右左下上AB。在美版中，这个秘技只能将生命数增加至10。