此游戏与其前作《逆转检事》的游戏系统较为相似。玩家在游戏中将会扮演检察官御剑怜侍。此游戏主要分为两个部分：调查及辩驳。

此游戏新增了一个游戏模式：逻辑象棋。当玩家与一定角色对话时，逻辑象棋就会启动。在逻辑象棋中，玩家需要在有限的时间内找出对方的弱点，并在两种对话选择中挑选合适的对话来攻击对方的弱点。若玩家取得优势时，玩家就会得到一个象棋来摧毁对方的象棋。但若玩家处于劣包势时，玩家的时间栏就会减少。若时间栏减少至零，游戏就会结束。当玩家摧毁了对方所有的象棋后，玩家就完成了逻辑象棋。

此游戏与其他逆转裁判系列游戏不同，其裁判官是一位女性——水镜秤 。