在电影《蝙蝠侠：黑暗骑士归来》中，布鲁斯·韦恩，即蝙蝠侠，因为第二代罗宾Jason的牺牲，从公众视线中隐退了长达十余年。然而，高谭市的治安却因变种人青少年武装团体的崛起、绿箭侠Oliver的越狱以及小丑Joker的逃脱而陷入混乱。尽管年逾五十，内心的使命感驱使他重出江湖，携手新任罗宾——13岁的少女卡莉·凯莉和老搭档詹姆斯·戈登，共同对抗邪恶势力和市民的质疑。

与此同时，美国面临着苏联的核威胁，超人Clark Kent作为官方命令的执行者，与蝙蝠侠的立场形成对立。在这种情况下，蝙蝠侠不仅要面对小丑等犯罪头目的狡猾计谋，还要承受来自盟友的敌意，以坚韧不屈的意志与这位“上帝之子”对抗。在故事的高潮部分，变种人团体转而支持蝙蝠侠，双面人哈维·丹特败下阵来，而小丑在游乐场被严重重创，最终死亡。

面对超人，蝙蝠侠不得不进行一场决定性的战斗。在最后一幕中，他借助药物掩饰身份，销毁了与蝙蝠侠相关的所有资料，包括蝙蝠洞和伟恩住宅，只保留了银行的存款，用来资助前变种人青少年组成的义务警备队，以维护高谭市的和平。阿尔弗雷德在烧毁住宅后不幸中风离世，而布鲁斯·韦恩以全新的方式继续他的使命。