首先你需要打完七个道馆并且去唤醒海皇牙了古拉顿。

先去送神火山山顶，然后坐缆车去烟突山，在烟突山中部的位置会发现一个洞穴，进去打败火岩队老大，古拉顿会逃走。

然后去从道古市/绿岭市向下冲浪到127号水路，潜水，在水里会发现一个洞穴，进去，洞里有个潜水艇，潜水上来，又有个洞穴，进去触发剧情打败水团老大后海皇牙会逃跑。

在战胜四天王并进入冠军房间后，玩家发现N已击败了阿戴克成为了新任冠军。他随即召唤自己的城堡包围了联盟，并向玩家发起挑战。

当玩家接近N时，莱希拉姆（黑）或捷克罗姆（白）在玩家面前出现，玩家需要收服传说中的龙宝可梦来与N对战。在战败后，N对于自己的错误理想感到悲哀。

而魁奇思现身，揭露了自己的真实意图：借助N来保证自己是世界上唯一一个能够控制宝可梦的人，并借助宝可梦征服世界。暴怒的魁奇思挑战了玩家。