凶手是玉莞宫女。

深宫情仇录案件解析：

因为顾太医实际上是死于玉莞故意引来的西域奇蜂。

下午四点，玉莞宫女特意将西域香珠混入了红石榴手串中赠给了顾太医，为了掩盖香珠气味特意一同赠送了一个香囊。

下午四点五十，顾太医最后一次整理完医书、写完手信后，戴上了明知有毒的红石榴手串。山雨阁就在西域奇蜂归巢的路线附近，因此西域香珠的香味很快就吸引了西域奇蜂，导致奇蜂攻击了顾太医。

而奇蜂的蜂针还可以再生，因此奇蜂用蜂针刺伤顾太医后，很快再生蜂针，于下午四点五十五返回了蜂巢。由此可知，奇蜂蜇人的时间最迟在下午四点五十五，而中毒者会在四点五十六分死亡，所以玉莞宫女一定是凶手。

当天下午四点半，尔英贵妃试图勒死顾太医，但顾太医闭气逃过，并没有成功。宫女的证词也可以证明顾太医下午四点四十五还活着(根据线索：“宫人：下午四点五十分路过山雨阁时，看到顾太医坐在桌前摩挲着什么。”可知)，所以尔英贵妃没有杀死顾太医。

华姿姑姑在糕点中下毒，和“水心茉莉”反应才有效果，但根据线索：“浮生若梦” 糕点并没有食用过的痕迹，说明顾太医并没有食用糕点，凶手也不可能是她。

雍王爷成贤在医书上下毒，顾太医每天四点半整理医书，因此顾太医应该在五点整毒发身亡。而尸体身上有红点，证明被奇蜂所蛰，根据线索：宫中饲养西域奇蜂的养蜂人报告：奇蜂应当在四点五十分归巢，但到今天四点五十五分，有五只奇蜂才迟迟归巢。可知，奇蜂蜇人的时间最迟在下午四点五十五，而中毒者会在四点五十六分死亡，所以成贤的毒药没来得及发作，成贤不是凶手。

皇上派去的侍卫赶到时，顾太医已经死去，侍卫在顾太医的尸体上划伤时尸体已经没有反抗的能力，侍卫划的只是一具尸体。侍卫在六点向皇上复命，称自己已经杀死顾太医，仅仅只是为了邀功而谎报，所以皇上也不是凶手。

剧情和时间线解析：

五年之前，玉莞宫女尚未入宫，她曾是雍王爷成贤的爱人，同时也是雍王府中武艺卓绝的第一杀手。为了保护成贤，她牺牲自我，入宫选秀，最终落选被分配到御膳房成为一个普通的小宫女。后来，玉莞宫女遇见了顾从安太医，与他两情相悦，彼此慰藉。

今年五月，玉莞宫女接到师傅胡木暴病而亡的消息的同时，还收到了师傅胡木的秘密信鸽送进宫中的密信，她惊痛地得知：师傅是被雍王府诛杀而死自己的生母很可能是为老雍王爷所杀。当年成贤为爱绝食，不过是为了哄骗她入宫的做戏。玉莞宫女伤心欲绝，愤恨决绝。

今年六月，雍王爷仙逝，成贤继承王位，竟然秘密送信入宫，希望能够接玉莞出宫回府，与她厮守一生。玉莞冷言回绝，心中已经开始筹划杀死成贤为师傅、为母亲报仇的计划。顾太医得知了她的打算，坚决阻挠，不愿她孤身犯险，他们大吵一架，不欢而散。

但玉莞宫女所不知的是，顾太医在今年九月，发现自己身染绝症的事实，他深知自己所患的“枯木症”已病入膏育，药石难医。顾太医不愿玉莞宫女为己担忧伤怀，嘱托得知此事的宫人不要告知玉莞。在顾太医的心中，他已逐渐谋划了一场轰烈而隐秘的牺牲，他决定以自己的死为玉莞实现复仇。

顾太医找到宫中一位宫女，要她为自已缝制一方鸳鸯丝帕，并且在上面缝上：一入宫门深似海，妾心不二长相待的词句，他将丝帕贴身携带，在玉莞面前故意掉落，谎称自己已与宫外的表妹定亲，玉莞只可以做自己的妾室。玉莞伤心欲绝，拂袖而去。

他着手写了一本戏本子《窃玉记》，在《窃玉记》中描述一个女侠客被自己的情人背叛，于是他偷偷用西城香珠引来西域奇蜂，神不知鬼不觉地除掉了情人，并且嫁祸给了自己的仇人，一举两得。

因为顾太医清楚，由于西域奇蜂蜂蜜甘甜，近来宫内开始安排专人饲养，并在白日放出采蜜。以此毒素，足以除掉自己。今年十月，顾太医写完了《窃玉记》，将《窃玉记》交到宫中偷运宫外戏本子的公公手中，辗转来到了玉莞宫女手中。

紧接着顾太医将自己收集到的西域香珠假借他人之手半数卖给了玉莞宫女。