机体特技与能力是《超级机器人大战J》游戏中的关键部分，玩家需对此进行详细了解与掌握。具体特技与能力包括：

1. 剣装备：可以发动[斩り払い]的技能。

2. 枪装备：可以发动[撃ち落し]的技能。

3. 盾装备：选择[防御]时受到攻击减轻，可以发动[シールド防御]技能。注意，使用盾牌防御攻击时，HP损失并不会减少，这可能是游戏中的一个BUG。

游戏中，机体可以进行变形，改变能力与武装。遗憾的是，本作中仅有雷兹纳MKⅡ一部机体可以变形，其余机体需要通过换装来改变形态。

关于机体维修，玩家可以通过修理回复己方一台机体的HP，回复量为：修理机机师LV*60+500。使用补给可以回复机体全部EN、残弹，但使用后气力会减少10点。值得注意的是，使用补给时，机师的气力不会改变。

在《超级机器人大战J》中，机体可以通过分离/合体、换装与搭载进行操作。特定机体可以更换外部装甲，以改变机体形态及能力。而战舰类特有搭载与交代功能，则允许机体进入战舰进行回复，同时需要消耗5点气力。