一日蜘蛛侠和新绿魔正与老对手（绿魔，毒液，章鱼博士，沙人等等等等）激战正酣，两方却惊奇发现自己被一群神秘的怪兽包围。更惊悚的是蜘蛛侠发现被它们触碰到的人都消失了，千钧一发之际尼克 弗瑞（独眼侠）驾着航空母舰救下了蜘蛛侠并向他介绍了当前局势：有人用外星陨石碎片与共生体（毒液构成物质）合成生物【幻影兽】，幕后黑手更是操控了蜘蛛侠的老对手镇守在东京，唐加罗尔岛，开罗，特兰西瓦尼亚和尼泊尔五个地点。就这样，为了拯救世界，蜘蛛侠开始了新的冒险......