高达00第二季的剧情主要讲的是天人组织与地球联邦政府之间的冲突，以及主角刹那和他的伙伴们在这个冲突中挣扎、成长的故事。

在第二季中，天人组织继续秉持着消除战争的理念，但与地球联邦政府的关系变得愈发紧张。联邦政府开始采取强硬手段对付天人，双方展开了激烈的战斗。同时，新的势力也出现了，让整个局势变得更加复杂。

刹那作为天人组织的驾驶员，不仅要面对联邦政府的追杀，还要应对新势力的挑战。在这个过程中，他不断成长，逐渐明确了自己的信念和责任。他的伙伴们也在各自的战斗中，不断锤炼自己，为了实现和平的世界而努力。

整个第二季的剧情紧凑、节奏明快，不仅有激烈的战斗场面，还有深刻的人物内心戏。通过不同角色的视角，展现了战争的残酷和人性的光辉。

最终，在刹那和他的伙伴们的努力下，天人组织与地球联邦政府达成了和平协议，为整个故事画上了圆满的句号。