阿尔诺托维奇曾先后代表过奥地利U18、U19和U21出场。2008年10月11日，在对法罗群岛的比赛中，他在奥地利成年国家队上演了处子秀。迄今，他一共为国出战4次。阿诺托维奇今年20岁，2006年加盟荷兰特温特俱乐部，过去3年他出场44次，攻入12球，表现出了极好的发展空间。

2009年8月6日，荷兰特温特俱乐部官方宣布队内奥地利射手阿诺托维奇租借加盟国际米兰。阿诺托维奇身高192cm，脚下技术灵活，特点与伊布相似，意大利媒体称他为“伊布二世”。

2010年6月4日,阿诺托维奇以600万欧元转会到云达不来梅。

据英国媒体报道，英超斯托克城俱乐部已签下不莱梅前锋马尔科·阿瑙托维奇，此笔交易转会费大约200万英镑。现年24岁的奥地利前锋获得一份为期四年的合同。奥地利人成为天空之城今夏第四签。