你这个问题要回答起来可是能当故事说了的，最好你自己去把WAR3的任务做一下，里面都有清楚说到

简单的来说，巫妖王（正确来说是堕落了的阿尔萨斯）和伊利丹对上，是因为巫妖王（耐奥祖）背叛了燃烧军团，于是基尔加丹（燃烧军团2大统帅之一）命令伊利丹去追杀巫妖王（耐奥祖），而阿尔萨斯则负责保护巫妖王（耐奥祖），所以2人对上了。

另外，你说到的人物，关系可以如下：

巫妖王：基尔加丹＝敌对

巫妖王（阿尔萨斯）：伊利丹＝势力敌对

巫妖王（耐奥祖）：阿尔萨斯＝主仆外加合体关系

基尔加丹：伊利丹＝主仆关系

伊利丹：凯尔萨斯＝主仆关系

基尔加丹：凯尔萨斯＝隐藏主仆关系（隐瞒伊利丹）