如果是各自统帅自己的军队，秦始皇可能会赢。

秦始皇一般是指一统天下之后的秦始皇，这个时候秦国的军事实力比之之前的秦国更上一层楼。秦始皇一统六国之后，曾经派出了两路大军，一路是由蒙恬率领的精锐部队40万人，北击匈奴。而另外一路是由任嚣和赵佗率领的南征北越的部队，70万大军，可见这个时候，秦国可以派出的兵力已经超过了百万人。

而且秦始皇手下也是名将如云。蒙恬，李信，王翦，章邯等都是都是久经沙场的老将。而且秦人都崇尚武力，民风彪悍。秦国的士卒战斗力都很强。而铁木真这边，铁木真消灭的南宋和金国，在之前的相互争斗过程之中就已经两败俱伤，而且铁木真灭金和灭南宋远远没有秦始皇灭六国来的那么轻松，襄阳打了几十年。而秦始皇灭六国只用了不到10年时间。

秦军一向以强弩硬弓称霸诸侯，而蒙古主要以骑射闻名。秦军里边装备着大量的远射程大威力的弓弩，这些弓弩射程比铁木真的骑兵手上的弓要远。特别是秦军的大型床怒一向是敌人的噩梦。所以秦始皇的部队可以很好的克制蒙古骑兵。近战的话，秦军可以组成类似于马其顿方阵的长矛阵。蒙古骑兵拿这种阵型也没有太好的办法。

在加上在数量秦始皇的军队在百万级别，蒙古骑兵人数在20万左右。所以成吉思汗的军队获胜概率比较小。