在主线剧情的第一阶段，玩家在北京花费1000两银子便可收服韦小宝。在主角与韦小宝的共同战斗中，他们成功击败了鳌拜，此时韦小宝的道德值提升3点，同时获得了15点自由属性点，分别加在身法、定力上。玩家可以选择接受不同的奖励，比如玄铁匕首、黄金宝甲、5000两银子，或者选择什么都不拿，这种选择将使韦小宝的道德值额外增加5点。

接下来，玩家可能遇到假太后，需要与之进行两场战斗。战胜后，韦小宝会额外获得5点自由属性点，并学会一种名为“撒石灰”的特殊技能。如果队伍中同时包含袁承志和温青青，当玩家在大理遇见阿珂并挑战九难时，有选择邀请九难、阿珂加入队伍，而让袁承志和温青青离开队伍的选项。此选择会使韦小宝获得15点身法属性点，并解锁“神行百变”天赋，同时主角也能获得10点自由属性点。

紧接着，玩家可以闯入吴三桂的寿宴，再次为韦小宝额外增加5点自由属性点。在前往神龙岛挑战洪安通时，苏荃将加入队伍，使韦小宝的生命值和内力值各提升500点，同时韦小宝和主角各自获得15点自由属性点。

如果选择走魔君路线，在游戏的末期，从黑衣门出来后，玩家可以前往台湾与冯锡范、郑克爽作战。战斗后，韦小宝单独挑战郑克爽，阿珂加入队伍，韦小宝再次获得15点自由属性点，而主角则额外获得5点自由属性点。最后，玩家在鹿鼎山与康熙进行最终对决，成功后，韦小宝的实力大增，生命值和内力值各提升1000点，同时韦小宝和主角各自获得15点自由属性点，并解锁“鹿鼎一品鹿鼎公”天赋，获得一品鹿鼎公印记。