MM3的剧情在MM1之后

因为诺亚的推论——消灭人类，所以大破坏产生了，然后人们为了生存下去，纷纷站起来抵抗诺亚，最终诺亚被打败了，但是诺亚灭亡了，它所产生的那些变异生物和机械依然威胁着人类的生存。

在MM3的剧情中，不少人曾经为了抵抗诺亚而死，比如大加农基地的大佐、邪恶地产的制药博士等人，还有一些则是因为大破坏环境劣化而丧生，比如地图最南方的度假村的那些人。

诺亚是威胁全世界的存在，为了抵抗诺亚，全世界的人们都行动起来了，诺亚存在于MM1的地狱门里，可以把MM1看做是中国或者是附近的其它什么国家，而MM3则是美国，比如五角大楼等设施、西部大沙漠等等。所以MM3里是看不到诺亚的，连它的残骸也看不到，但是传闻却依然存在。