通行证和签注的区别是含义和用途不同，具体如下：

1、通行证，如港澳通行证，是由公安机关出入境管理部门签发给中国内地居民，用于因私往来香港或澳门地区的旅行证件。这种证件主要用于旅游、探亲、商务、留学等非公务活动。通行证的有效期一般为五年，并有两种样式：本式（旧版）和卡式（新版）电子港澳通行证。本式通行证证件号以W开头，有效期为5年；而卡式电子港澳通行证证件号以C开头，成年人证件有效期为10年，未成年人证件有效期为5年。

2、签注则是附于通行证上的一种文件，由公安机关对内地居民表示批准往来香港、澳门、台湾等地区所签发。签注的主要作用是证明通行证持有人可以合法前往港澳地区，并注明前往的目的、次数以及逗留的时间等。签注有3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效期限，当事人在通行证有效期内可根据需要办理相应签注。签注种类的汉语拼音首字母代表不同的种类，如L代表旅游（团队）、G代表个人旅游、T代表探亲、S代表商务、D代表逗留、Q代表其他。