进化之地2的剧情是一部引人入胜的叙事作品，它犹如一部科幻小说，剧情起伏跌宕，让玩家沉浸其中。故事从马基文明的终结开始，这个高度发达的文明为了阻止时间的灾难，决定创造一个循环计划。主角基罗教授为了保护银河系的和平，穿越回过去寻找关键环节。

在穿越过程中，他来到一个山谷实验室，遇到一对研究马基能量和时间秘密的男女，但因误会而发生冲突。博士发现这对男女的成果，试图利用小女孩刻瑞斯的能量。然而，刻瑞斯逃脱并让博士被放逐，博士的记忆也因此受损。在陌生的环境中，博士被村民救回，以"库罗"的身份开始新生活。

库罗与刻瑞斯的战斗后，两人消失在时间中，菲娜等待库罗，而魔哥和眼睛妹因传送装置的丢失，意外回到过去。他们在此期间经历波折，生下刻瑞斯。菲娜追寻库罗的足迹，发现实验室和冬眠中的库罗，揭示了库罗过去的遭遇和他重建实验室的研究目标——寻找时间的真相，以便回归菲娜身边。

最后，库罗与菲娜重逢，开始了新的生活，共同研究并守护时间的秘密，期待新的家庭和未来的冒险。整个剧情充满了戏剧性和情感纠葛，让玩家跟随角色的步伐，探索这个充满神秘的时间之旅。