通过查询相关资料显示，黑龙江省边境补贴密山市是根据地理条件以及居住年限发放的，因为黑龙江省边境补贴密山市的发放政策显示为：补助对象为边境线1-3公里内居住半年以上的抵边自然村村民，符合补贴发放政策补贴标准为3000元。所以黑龙江省边境补贴密山市是根据地理条件以及居住年限发放的。