游戏的时代背景设定于刚完成“大一统”霸业的中国秦朝。主角水镜是一位墨家年轻的女弟子，轩辕剑系列的首个女性主人公，性格活泼好动，因为一次意外，结识故韩国公子姬良（后名为张良），二人结伴行动。

水镜目睹了墨家在秦人不断围剿下，逐渐步入没落、败亡的惨状，不禁焦心如焚，为了对抗秦人强大而神秘之巨型机关部队，她决心勇敢无视墨家的禁令， 去私下探索过去墨家严令禁止去研究的两百年前失传古科技──「机关术」。由于机关术的研究，她慢慢又无意间接触到了另外两股更加神秘的古文明力量， 亦即华夏上古时期的「云中界」力量，以及古代神秘蜀文明的超科技终极兵器「黑火」。这三股彼此互相纠结的力量，将故事慢慢引导进入力量冲突的最高潮。