朝云带着耶亚希以及她的族人回到夷洲，之后独身前往山海界。朝云以盘古斧之力进入山海界，以求解救天女青儿。在山海界中，他将身体交由暮云的意识控制，自身陷入沉睡。在他进入山海界的同时，也将无法控制自身力量而弑亲的陆承轩一同带入。此时山海界中东皇钟也已转世为夏柔。天女之灵无法继续维系封印，天女封印力量衰退，山海界天气异变。因资源匮乏，山海界进入战争状态。轩辕剑伍故事开始。

皇甫暮云救出天女之魄，积极收集不灭之火意图以朱雀灵兽破除青龙灵兽的封印。陆承轩与夏柔相识，同去遗世之都接受继任青龙圣者的测试。夏柔被选中为第三任青龙圣者，寻找失散的二十八颗星曜石。天女之魄青魅占据青龙圣者身体，完成魄灵合体。

分支1：星曜石收集齐全。朱雀灵兽复活，天女完全苏醒。皇甫暮云自杀，天女因此看到黄帝在轩辕上刻的字，明白黄帝的苦衷，自愿被再度封印。

分支2：星曜石收集不齐全，一场恶战后青魅被消灭，而皇甫暮云和陆承轩同归于尽，恢复为神器原形。轩辕剑伍故事结束。夏柔将轩辕剑送回轩辕界（人间），但因两界间时间流动速度不一，此时轩辕界已过百年，皇甫朝云与耶亚希灵体相会。