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最后独孤宁珂败了，古月圣将宁珂的魂魄放入伏羲琴中净化，而宇文拓答应帮助宁珂实现一个最后的心愿，将她带回西方故乡（宁珂是撒旦派来的恶魔，附身在真正的宁珂身上，真宁珂其实1岁就死了。假宁珂的故乡在西方）。

　　99年后，灵魂净化完成的宁珂转世为轩辕剑3云和山的彼端中的魔女妮可，赛特战胜撒旦后，妮可转世为人，最终和赛特在一起（有一说赛特是宇文拓的后人，但这只是猜测，也有人说赛特是宇文拓的转世）。

故事时间顺序天之痕排在云和山的彼端之前。