海贼王中路飞使用霸气的集数分别是：第389集、第413集、第438集、第478集、第479集、第480集。

首先，路飞在动画中的第一次使用霸气，是在第389集，他对抗海军中将“鬼蜘蛛”时展现出了见闻色霸气。这一集里，路飞仅凭直觉就躲过了鬼蜘蛛的攻击，这是见闻色霸气的典型表现。

其次，路飞的武装色霸气则是在第413集中首次展现。在这一集中，路飞与路飞的哥哥艾斯进行了一场激烈的战斗，为了保护自己不受艾斯的攻击，路飞使用了武装色霸气来增强自己的防御力。

再次，路飞在第438集中展示了他的霸王色霸气。这一集中，路飞在无意之间释放出了霸王色霸气，使得周围的人都无法动弹。这是霸王色霸气的一种典型表现，能够震慑和控制敌人。

最后，路飞的霸气使用还体现在第478集、第479集和第480集中。在这些集数中，路飞不断提升自己的霸气能力，将其用于攻击和防御。他的见闻色霸气和武装色霸气都得到了进一步的展现，使得他能够对抗更加强大的敌人。

综上所述，海贼王中路飞使用霸气的集数主要集中在第389集、第413集、第438集、第478集、第479集和第480集中。这些集数中，路飞的霸气能力得到了充分的展现，也体现了他不断成长的过程。