魂斗罗GB游戏系统在保留了FC版游戏核心玩法的基础上，进行了多项优化改进。首先，游戏加入了连发功能，玩家可以通过按住B键实现连续射击，省去了FC版中需要连续按键的麻烦。

在子弹速度方面，魂斗罗GB游戏也进行了提升，普通子弹速度加快，并且子弹数量从FC版的4颗增加到了5颗。同时，游戏中的霰弹S武器也恢复了街机版《超级魂斗罗》的级别设定，玩家可以在游戏中享受到更丰富的战斗体验。

另外，魂斗罗GB游戏还增加了一种新武器——跟踪弹H。这种武器具有追踪功能，类似于第一级别下的S武器，但具有更强的攻击能力。这种创新设计使得游戏的战斗更加紧张刺激，同时也为玩家提供了更多的选择。

在画面表现上，魂斗罗GB游戏因GB屏幕所限，只能呈现出黑白画面，但这并没有影响游戏的品质。游戏的其他方面，如音效、操作手感等，都与FC版不相上下，甚至在某些方面还有所提升。

游戏的关卡设计也颇具特色。玩家可以自由选择前四关，只有打通四关后才能进入最后一关。这样的设计不仅增加了游戏的挑战性，也使得玩家可以更自由地探索游戏世界，享受游戏的乐趣。