在南美洲的GX军事训练基地，2634年12月发生了一起神秘事件。Hal将军发送的信号显示，基地遭受攻击，可能是由异形生物引起的。联邦政府接收到这一警告后，意识到事态严重，于是派出Contra特遣队进行调查。他们发现基地内的士兵已经失去人性，异型生物的影子从他们体内显现。事实证明，这些士兵是异型的变异体，Contra们再次执行了消灭异形的任务。然而，官方对外宣称这只是训练事故，以避免恐慌。

1990年2月2日，经典游戏《魂斗罗》的扩展版本——《超级魂斗罗》在FC平台上发布了移植版。日版的名称简化为《超级魂斗罗》，去掉了街机版的副标题“异形的反击”，而美版则命名为“Super C”。欧洲版则为“Probotector II - Return of the Evil Forces”，主角和敌人依然是机器人形象。

相较于街机版，FC移植版的难度有所降低，甚至可能低于前作。武器设计上，虽然保留了猎鹰的标志，但颜色变为红蓝交替闪烁，散弹枪S的级别设定也被取消。俯视视角中的炸弹功能被替换，玩家在接到时可以清除所有敌人。新增了第七、第八关，使得游戏流程比街机版的前六关更为丰富。

原版的关卡在移植后也经历了调整，部分关底Boss的设定有所变更。尽管游戏中存在秘技，可以在标题画面中输入特定指令增加生命值，但在美版中，这个功能被限制只能增加10点生命值。