在人类探索宇宙的两个世纪后，地球分化为两大阵营。地球联邦政府掌控全局，而漂浮的宇宙殖民卫星群则渐成独立势力。公元179年，遥远的SIDE3殖民卫星以吉恩公国名义挑战联邦，尽管初始MS战力占优，但与联邦军激战陷入持久战。星一号战役前，一场神秘灾难在L5空域爆发，将双方舰队卷入，导致南亚塔利亚岛的停战。这个被称为“一年战争”的事件揭示了外星文明的存在和太阳系外的战争威胁。

战后，未知的外星战舰被EOTI机构证实，引发人类对智能生命体和外星科技的震惊。然而，地球联邦高层未能充分理解事态严重性，继续扩充军事力量，加剧了经济危机。比安·佐尔达克博士警告地球将面临更大规模的战争，他创立了EOT组织，发展对外星人作战的兵器，组建了SDF。这些举措引发反联邦情绪，吉恩公国以新吉恩名义重新崛起，联邦军则成立了“泰坦斯”和“OZ”应对威胁。

同时，恐龙帝国和妖魔帝国等地下势力浮现，侵袭极东地区，但在超级机器人的抵御下暂时退却。暗中活跃的地狱博士和沙京王子蓄力待发。公元187年，地球笼罩在紧张的气氛中，各种组织的暗中较量日益激烈。

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