《第2次超级机器人大战Z 再世篇》的游戏流程图详尽地展示了玩家将要经历的战斗和剧情发展。从序章A到终章，游戏设计者精心安排了39个章节，让玩家体验到一系列扣人心弦的战斗和复杂的情节发展。

游戏开始于序章A，玩家将深入了解“ブラックリベリオン”（黑色解放者）的故事，然后在序章B中获得“ガンダム歼灭指令”（歼灭指令），这将开启后续的战斗。在序章C中，玩家将见证“世界最後の日”（世界的最后一天），这将是整个游戏的起点。

从第1话“ファイティング・ガール”（战斗女孩）到第30话“一点突破”（突破一点），每个章节都有其独特的主题和背景，包括竹尾ゼネラルカンパニー（竹尾将军公司）的记述、太阳の使者・鉄人28号（太阳使者·铁人28号）的分支路线和日本/宇宙路线、中东/古孟路线的对比，以及与德国鬼伯爵的对峙、忍者威胁和徘徊的天使。

游戏的后续章节更加深入，例如第31话“ジ・アンブレイカブル”（无法打破）的地上路线和宇宙路线，第32话“夺われた鉄人メメントモリ攻略戦”（夺回铁人的记忆攻略战）等。这些章节围绕着“再世篇”的主题，深入探索了角色背景和故事的复杂性。

从第33话“ブラック・アヴェンジャー”（黑骑士）到第39话“禁断の継承者”（禁忌的继承者），玩家将面对一系列的挑战和冲突，包括“アッシュフォード・ラプソディ”（阿什福德·拉普西迪）和“各自战场”的战斗。随着故事的推进，玩家将深入了解角色之间的关系、冲突和成长。

在第40话“歌え、谁かのために”（为某人而唱）到第44话“降临！！ 终末を呼ぶ邪神！”（降临！！ 呼唤末日的邪神！），玩家将面对更多的挑战和决策，每个决定都可能对故事的结局产生影响。游戏的最后阶段包括“皇帝失格超合集国决议第壱号”（皇帝不合格超级合集国家决议第壹号）到“再世の未来”（再世的未来），以及最终话“再世する次元”（再世的次元），这些章节将引领玩家探索故事的高潮和结局。

《第2次超级机器人大战Z 再世篇》的流程图展示了丰富多样的剧情、角色发展和战斗场景，为玩家提供了一个充满挑战和深度的游戏体验。通过精细设计的章节，游戏为玩家构建了一个复杂而引人入胜的世界，等待着他们去探索和征服。