在宇宙时代的进程中，人类的生存领域已经扩展至火星周边，然而地球依然面临着诸多挑战。环境恶化问题、由遗传基因调控产生的新人类“新人类（CO）”的诞生、以及频繁的地壳变动——这些遗迹被称为“オルファン”，它们都在暗示着深层次的秘密。人们对新纪元抱有期待，但突如其来的变革引发了社会的分裂，一部分人适应了变化，而另一部分则选择抗拒。被边缘化的新人类群体在殖民卫星“プラント”上建立了自己的家园，然而这一举动引起了自然人类的反感，对立情绪愈发严重。同时，被称为“リクレマー”的人群悄然介入“オルファン”的事务，这一事实被有意掩盖，公众对此知之甚少。

这个复杂的时代背景下，人类社会面临着身份认同、权力斗争和未知力量的交织。新人类与自然人的矛盾，以及“オルファン”遗迹背后的秘密，都成为了推动剧情发展的关键因素。在这样的大环境下，超级机器人大战 J 机战世界的故事由此展开，一场关于生存、权力和真相的较量即将上演。