《迪迦奥特曼》剧中三大未解之谜包括：迪迦奥特曼的故乡在哪里，查理迦究竟是谁，诺亚之神究竟是谁。

每当我们百科看迪迦奥特曼的资料的时候，在出生地的那一栏，总会写着两个字：不明。因为没有人知道迪迦奥特曼的故乡在哪里，作为平成三杰的大哥，迪迦奥特曼不同于其他奥特曼，迪迦是超古代时期就出现在地球的巨人，但并非地球出生的奥特曼。

超古代人类警备队的幽怜曾经说过，迪迦奥特曼最后把战斗用的身体封在金字塔里就返回故乡了，但是这个故乡在哪里呢。宇宙魔人查利迦是在迪迦奥特曼中登场的角色，以人类姿态出现的魔人，妄图去圆谷公司买怪兽。

未解之谜

而其实际目的是寻找亚那加基，之后到龙森湖后唤醒了亚那加基，并且让亚那加基大肆破坏。在亚那加基被初代奥特曼和迪迦奥特曼打败后，宣称我一定会回来的。捷德奥特曼的小陆在小的时候就参与了奥特曼的拍摄，其中登场了一位诺亚之神，不过是石像的姿态。

但是诺亚之神到底是不是诺亚奥特曼呢，从外形上来看，并不像。诺亚之神究竟是谁，有人说是初代奥特曼，有人说是佐菲，有人说是诺亚奥特曼，不过漫天空觉得这个最不可信，但是后面强行扯上帕拉吉，官方也没给正确答案，圆谷一向有坑不填。