在《西游记》中，孙悟空并非无敌，存在一些妖怪他难以战胜。首先，黄风怪能够刮起猛烈的风暴，这使得孙悟空难以近身，二人交手时，孙悟空并未占到便宜。其次，红孩儿擅长吐三味真火，这种强大的火焰能力让孙悟空难以抵挡，最终只能借助观音菩萨的力量才得以制胜。再者，蝎子精以毒性著称，其毒性让孙悟空都感到棘手，虽然最终被制服，但过程颇为艰难。

还有些妖怪，孙悟空与其交手并未分出胜负，例如六耳猕猴，其能力与孙悟空旗鼓相当，甚至能使用金箍棒，二人在实力上可谓是不分伯仲。牛魔王及其夫人铁扇公主，牛魔王自身武艺高强，且能变化七十二般模样，与孙悟空不相上下。而铁扇公主的芭蕉扇更是让孙悟空吃了不少苦头。

此外，黑熊怪虽然武力不及孙悟空，但其阴险狡诈，利用诡计让孙悟空一时难以招架。白骨精的美色与武力并存，曾多次险些吃掉唐僧，如果不是孙悟空火眼金睛，后果不堪设想。至于黄袍怪，从故事发展中可以看出，他在与孙悟空对战时占有一定优势，只是由于孙悟空尚未出手，二人未能真正决一死战。

最后，孙悟空虽然武艺高强，但在智谋上却有所欠缺。在五指山下被封印五百年，使得他的思维方式较为保守，容易冲动，这在与一些善于心计的妖怪对峙时成了他的软肋。也因此，唐僧多次被妖怪捉走，孙悟空虽有力挽狂澜之心，却在智谋上稍逊一筹。